A Nemzeti Kulturális Alap 1993-ban jött létre. A szakmai szervezet létrehozásának egyik ötletgazdája és alapítója Fekete György, a Nemzet Művésze címmel kitüntetett Kossuth- és Munkácsy Mihály-díjas magyar belsőépítész volt. Az NKA létrejöttét, már az alapítás előtt évekkel, egy művészekből, kultúrával foglalkozó szakemberekből álló csoport beszélgetése előzte meg. Többen is felismerték, hogy a háború óta nem történt meg a visszarendeződés – a kultúra működésének visszaállításához, az értékek széles körben való megismertetéséhez szükség van egy olyan testületre, amely gondoskodik ennek anyagi bázisáról; már csak azért is, mert az európai gyakorlatban a civil szféra körülbelül 80%-ban fedezi a kultúrával kapcsolatos kiadásokat, ami Magyarország esetében mindössze 20%-ban valósult meg. A kezdeményezés 1988-ban a politikai helyzet miatt még nem juthatott el a döntéshozók elé, de Mádl Ferenc támogatásával később már igen, így 1993-ban megalakulhatott az NKA, melynek első elnöke Fekete György lett.

Az Alap kezelését 2023. június 29-től a Nemzeti Kulturális Támogatáskezelő látja el.